研究冷門，成就熱門
圖片來源：邱瑞金
他當時預估，解一個碼要10美元，總共要花300億美元，「簡直是不可能的天文數字，」陳奕雄指出。如果把定序流程改進得更專業化、更有效率，解碼的成本可以降低到30億到50億美元，甚至更低。
後來，美商應用生命系統公司（ABI）來找陳奕雄，希望陳奕雄協助發展一台更快速的自動化基因定序設備。這個構想與陳奕雄一拍即合。因此，陳奕雄擔任ABI的首席科學家，成為後來人類基因圖譜提前完成的幕後功臣。
於是，1992年到1998年之間，陳奕雄在ABI的實驗室裡，設定基因定序策略、改進方法與技術，領導將近200名人員，整合技術、研發出超高速的ABI-3700基因自動定序儀。
ABI-3700的效能很強。
第一，它的速度是舊有基因定序儀的4倍。每一台，一天可以做60萬個核酸定序，舊有的定序儀是半自動的，一天頂多做20萬個。
第二，節省人力成本。ABI-3700是全自動設備，只要把樣本準備好，放進機器，按下按鈕，自動跑出電腦報表，不須監管人員。舊有的機器，人員必須守在機器旁，每兩個小時換一次樣本。
台灣ABI總經理黃昭熹指出，後來ABI轉投資賽雷拉（Celera Genomics），運用300台ABI-3700，進行人類基因體解碼，只需要十幾個人管理，舊有機器卻需要上百名人員。
一位研究人員指出，這種自動化定序的技術，讓基因定序進入「工業化生產」，解碼的速度變快了，科學家也才能早一點從基因圖譜中，找出治療絕症的方法。
基因解碼競賽
這台儀器，也引發了人類有史以來，民間企業與政府研究機構的「基因解碼競賽」，意外促成人類基因圖譜提前5年公佈。
當時，自動定序儀開發出來，賽雷拉宣稱只要以3億美元，300台ABI-3700與高速電腦，就可以在2001年獨力完成人類基因體解碼。
此舉，讓美國政府主導的「人類基因體計畫」（原本預計2005年完成解碼，花費30億美元），像是被打了一個大耳光。「7個國家的研究機構合作，竟然比不上一個民間公司，」台灣ABI總經理黃昭熹說。
因此，「人類基因體計畫」宣稱不購買ABI的儀器，雙方劍拔弩張。